PRZEGLĄD ENZYMÓW DROBNOUSTROJÓW

1. WSTĘP

15

2. OKSYDOREDUKTAZY (EC 1)

19

2.1. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA GRUPY CH–OH (EC 1.1)

21

2.1.1. Dehydrogenaza alkoholowa

21

2.1.2. Dehydrogenaza mleczanowa

22

2.1.3. Dehydrogenaza jabłczanowa

25

2.1.4. Dehydrogenaza izocytrynianowa

26

2.1.5. Peroksydaza

29

2.2. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA GRUPY

KARBONYLOWE (EC 1.2)

29

2.2.1. Dehydrogenaza aldehydowa (NAD|)

29

2.2.2. Oksydaza pirogronowa

30

2.2.3. Dehydrogenaza pirogronowa

31

2.2.4. Dehydrogenaza α-ketoglutarowa kompleks

32

2.3. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA GRUPY CH–CH (EC 1.3)

34

2.3.1. Dehydrogenaza bursztynianowa

34

2.4. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA GRUPY CH–NH2 (EC 1.4

36

2.4.1. Dehydrogenazy glutaminianowe (EC 1.4.1

36

2.4.1.1. Dehydrogenaza glutaminianowa I

36

2.4.1.2. Dehydrogenaza glutaminianowa II

37

2.4.1.3. Dehydrogenaza glutaminianowa III

38

2.5. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA NADH

LUB NADPH (EC 1.6)

39

2.5.1. Ubichinonowa reduktaza NADH

39

2.5.2. Dehydrogenaza NADH

41

2.6. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA SIARKĘ (EC 1.8)

42

2.6.1. Dehydrogenaza amidu kwasu liponowego

42

2.7. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA ZWIĄZKI

HEMOWE (EC 1.9

43

2.7.1. Reduktaza azotanowa

43

2.8. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA DIFENOLE

I ZWIĄZKI PODOBNE (EC 1.10)

44

2.8.1. Lakaza

44

2.9. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA NADTLENKI

BĘDĄCE AKCEPTORAMI (EC 1.11

47

2.9.1. Katalaza

47

2.9.1.1. Katalazy drobnoustrojów

50

2.9.1.1.1. Katalazy bakteryjne

51

2.9.1.1.2. Katalazy drożdżowe

51

2.9.1.1.3. Katalazy grzybowe

51

2.9.1.2. Katalazy roślinne

52

2.9.2. Peroksydaza ligninowa

52

2.10. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA DWIE CZĄSTECZKI

DONORU, GDY AKCEPTOREM JEST TLEN CZĄSTECZKOWY O2 (EC 1.14

53

2.10.1. Tyrozynaza

53

2.11. OKSYDOREDUKTAZY DZIAŁAJĄCE NA BIAŁKA

ŻELAZOWO-SIARKOWE (EC 1.18) I OKSYDOREDUKTAZY

DZIAŁAJĄCE NA ZREDUKOWANĄ FLAWODOKSYNĘ (EC 1.19

56

2.11.1. Nitrogenazy

56

2.11.1.1. Nitrogenaza (ferredoksyna

60

2.11.1.2. Nitrogenaza (flawodoksyna

62

3. TRANSFERAZY (EC 2

63

3.1. METYLOTRANSFERAZY (EC 2.1.1

64

3.1.1. Katecholo-O-metylotransferaza

65

3.1.2. Metioninowa syntaza

65

3.1.3. Metylotransferaza histonowo-lizynowa

66

3.2. KARBAMOILOTRANSFERAZY (EC 2.1.3

67

3.2.1. Karbamoilotransferaza asparaginowa

67

3.2.2. Karbamoilotransferaza ornitynowa

68

3.3. TRANSKETOLAZY (EC 2.2.1

69

3.3.1. Transketolaza

69

3.3.2. Transaldolaza

70

3.3.3. Syntaza acetomleczanowa

71

3.4. ACYLOTRANSFERAZY (EC 2.3.1

72

3.4.1. Aminokwasowa N-acetylotransferaza

72

3.4.2. Fosforanowa acetylotransferaza

73

3.4.3. Acetylo-CoA C-acetylotransferaza

74

3.4.4. Dihydroliponowa transacetylaza

75

3.4.5. C-acylotransferaza acetylo-CoA

77

3.4.6. Galaktozydowa O-acetylotransferaza

78

3.4.7. Fosforanowo masłowa transferaza

78

3.4.8. Glutaminianowa N-acetylotransferaza

79

3.4.9. Maltozowa O-acetylotransferaza

80

3.4.10. Jabłczanowa syntaza

80

3.5. GLUKOZYLOTRANSFERAZY (EC 2.4

82

3.5.1. Fosforylaza

82

3.5.2. Nukleozydowa rybozylotransferaza

83

3.6. ALKILOTRANSFERAZY (EC 2.5.1

83

3.6.1. Glutationowa transferaza

83

3.6.2. Cysteinowa syntaza

85

3.6.3. Cystationinowa γ-syntaza

86

3.6.4. O-acetylohomoserynowa aminokarboksypropylotransferaza

87

3.7. TRANSAMINAZY (EC 2.6.1

87

3.7.1. Aminotransferaza asparaginianowa

87

3.7.2. Acetylornitynowa transaminaza

88

3.7.3. Aromatyczna amino-kwaśna transaminaza

89

3.8. FOSFOTRANSFERAZY (EC 2.7

90

3.8.1. Homoserynowa kinaza

90

3.8.2. Kinaza pirogronianowa

91

3.8.3. Ryboflawinowa fosforotransferaza

92

3.8.4. Octanowa kinaza

93

3.8.5. Karbaminianowa kinaza

94

3.8.6. Asparaginianowa kinaza

94

3.8.7. Acetyloglutaminianowa kinaza

95

3.8.8. Glutaminianowa 5-kinaza

97

3.8.9. Polifosforanowa kinaza

97

3.9. NUKLEOTYDOTRANSFERAZY (EC 2.7.7

98

3.9.1. Pantoteniano – fosforowa adenylotransferaza

98

3.9.2. Siarczanowa adenylotransferaza

99

3.9.3. Glukozo-1-fosforano tymidylanowa transferaza

100

3.9.4. Glukozo-1-fosforano adenylotransferaza

102

3.9.5. Glukozo-1-fosforano cytydylotransferaza

103

3.9.6. Glicerolo-1-fosforano cytydylotransferaza

104

3.9.7. Fosfatydowa cytydylotransferaza

104

3.9.8. [Glutaminowo-amonowa-ligaza] adenylotransferaza

105

3.9.9. Liponianowo-białkowa ligaza

106

3.9.10. Cyklaza diadenylowa

107

3.9.11. D-glicero-β-D-manno-heptozo 1-fosforano adenylotransferaza

108

3.9.12. Molibdenowy kofaktor cytydylotransferaza

108

3.9.13. Molibdenowy kofaktor guanozynotransferaza

109

3.10. FOSFOTRANSFERAZY Z PARĄ AKCEPTORÓW – DIKINAZY

(EC 2.7.9

109

3.10.1. Pirogronianowa fosforowa dikinaza

109

3.10.2. Pirogronianowa wodna dikinaza

111

3.11. SERYNOWO-TREONINOWA KINAZA (EC 2.7.11

111

3.11.1. [izocytrynianowa dehydrogenaza (NADP+)] kinaza

111

3.12. HISTYDYNOWE KINAZY (EC 2.7.13

112

3.12.1. Histydynowa kinaza

112

3.13. SULFUROTRANSFERAZY (EC 2.8.1

113

3.13.1. Tiosiarczanowa siarkowa transferaza

113

3.13.2. tRNA siarkowa transferaza

114

3.13.3. Biotynowa syntaza

114

3.13.4. Cysteinowa desulfuraza

116

3.13.5. Tiazolowa syntaza

117

3.14. SULFOTRANSFERAZY (EC 2.8.2

117

3.14.1. Arylowo-siarczanowa sulfotransferaza

117

3.15. CoA-TRANSFERAZY (EC 2.8.3

118

3.15.1. Propionianowa CoA-transferaza

118

3.15.2. Malonianowa CoA-transferaza

118

3.15.3. Octanowa CoA-transferaza

119

4. HYDROLAZY (EC 3

120

4.1. KARBOKSYLOWE ESTROWE HYDROLAZY (EC 3.1.1

122

4.1.1. Karboksyloesteraza

122

4.1.2. Aryloesteraza

124

4.1.3. Trójglicerolowa lipaza

125

4.1.4. Fosfolipaza A2

127

4.1.5. Acetyloesteraza

128

4.1.6. Sterolowa esteraza

128

4.1.7. Glukonolaktonaza

129

4.1.8. Tannaza

130

4.1.9. Acyloglicerolowa lipaza

131

4.1.10. 4-pirydoksolaktonaza

131

4.1.11. Aminoacylo-tRNA hydrolaza

132

4.1.12. 6-fosfoglukonolaktonaza

133

4.1.13. Fosfolipaza A

133

4.1.14. 6-acetyloglukozo deacetylaza

134

4.1.15. Trioctanowa laktonaza

135

4.1.16. Cefalosporynowa C deacetylaza

135

4.1.17. Chlorogenowa hydrolaza

135

4.1.18. α-amino kwasowa esteraza

136

4.1.19. 4-metyloksalooctanowa esteraza

137

4.1.20. Karboksymetylenobutenolidaza

137

4.1.21. Fuzarynowo-C ornitynowa esteraza

138

4.1.22. Proteinowo-glutaminianowa metyloesteraza

138

4.1.23. Acetyloksylanowa esteraza

139

4.1.24. Ferulowa esteraza

139

4.1.25. Kutynaza

141

4.1.26. Poli (3-hydroksymaślano) depolimeraza

142

4.1.27. Poli (3-hydroksykaprylano) depolimeraza

142

4.2. TIOESTEROWE HYDROLAZY (EC 3.1.2

143

4.2.1. Acetylo-CoA hydrolaza

143

4.2.2. 3-hydroksyizomasłowa-CoA hydrolaza

144

4.2.3. S-formyloglutationowa hydrolaza

144

4.2.4. Acylo-CoA hydrolaza

145

4.2.5. 4-hydroksybenzoilo-CoA tioesteraza

146

4.3. FOSFOROWE MONOESTERAZY HYDROLAZY (EC 3.1.3

147

4.3.1. Fosfatazy

147

4.3.1.1. Fosfataza alkaliczna

147

4.3.1.2. Fosfataza kwaśna

149

4.3.2. Fosfoserynowa fosfataza

152

4.3.3. 5’-nukleotydaza

152

4.3.4. 3-fitaza

153

4.3.5. Fruktozo-bisfosfataza

156

4.3.6. Trehalozo-fosfataza

157

4.3.7. Histydynylowa fosfataza

158

4.3.8. Fosfoglikolowa fosfataza

159

4.3.9. Sacharozowa fosfataza

159

4.3.10. Inozytolo-fosforanowa fosfataza

160

4.3.11. 4-fitaza

160

4.3.12. Fosfatydyloglicero fosfataza

162

4.3.13. Polinukleotydowa 5’-fosfataza

163

4.3.14. Dezoksynukleotydowa 3’-fosfataza

164

4.3.15. Tymidylanowa 5’-fosfataza

164

4.3.16. Streptomycynowa-6-fosfataza

164

4.3.17. 3-deoksy-manno-oktaulozonowa 8-fosfataza

165

4.3.18. Proteinowo-tyrozynowa fosfataza

165

4.3.19. 2-deoksyglukozowa 6-fosfataza

166

4.3.20. Pirydoksalowa fosfataza

166

4.3.21. D-glicero-β-D-manno-heptozo 1,7-bifosforan 7-fosfataza

167

4.3.22. ADP-rybozo 1’’-fosforano fosfataza

167

4.4. FOSFOROWE DIESTERAZY HYDROLAZY (EC 3.1.4

168

4.4.1. Fosfodiesteraza I

168

4.4.2. Glicerofosfocholinowa fosfodiesteraza

169

4.4.3. Fosfolipaza C

170

4.4.4. Fosfolipaza D

171

4.4.5. Fosfoinozytolo fosfolipaza C

172

4.4.6. Sfingomielina fosfodiesteraza

172

4.4.7. 2’,3’-cykliczna-nukleotydowa 2’-fosfodiesteraza

173

4.4.8. 3’,5’-cykliczna-nukleotydowa fosfodiesteraza

174

4.4.9. Alkiloglicerofosfoetanoloamino-fosfodiesteraza

175

4.4.10. Glicerofosfodiester fosfodiesteraza

175

4.4.11. Cykliczny-guanozyno-5’-monofosforan disodu fosfodiesteraza

176

4.5. TRIFOSFOROWE MONOESTRY HYDROLAZY (EC 3.1.5

178

4.5.1. dGTPaza

178

4.6. SIARKOWE ESTRY HYDROLAZY (EC 3.1.6

178

4.6.1. Arylosulfataza

178

4.6.2. Cholino-sulfataza

179

4.7. DIFOSFOROWE MONOESTRY HYDROLAZY (EC 3.1.7

180

4.7.1.Guanozyno-3’,5’-bis(difosforano) 3’-difosfataza

180

4.8. FOSFOROWE TRIESTRY HYDROLAZY (EC 3.1.8

181

4.8.1. Arylodialkilo fosfataza

182

4.9. EGZODEOKSYRYBONUKLEAZY (EC 3.1.11

182

4.10. EGZORYBONUKLEAZY (EC 3.1.13) i (EC 3.1.14

183

4.11. ENDODEOKSYRYBONUKLEAZY (EC 3.1.21

184

4.11.1 Endodeoksyrybonukleazy I

184

4.11.2. Endodeoksyrybonukleazy II

186

4.11.3. Deoksyrybonukleaza (pirydyminowy dimer

186

4.12. ENDORYBONUKLEAZY WYTWARZAJĄCE

5’-FOSFOMONOESTRY (EC 3.1.26

187

4.12.1. Rybonukleaza III

187

4.12.2. Rybonukleaza H

187

4.12.3. Rybonukleaza P

188

4.12.4. Rybonukleaza P4

189

4.12.5. Rybonukleaza M5

189

4.12.6. Rybonukleaza Z

189

4.12.7. Rybonukleaza E

190